Los Centros Milenios son centros de investigación cuyas líneas de acción tienen como objetivo el desarrollo de la investigación científica y tecnológica de excelencia en Chile. Los Centros Milenio se diferencian, principalmente, en el período de financiamiento y cantidad de investigadores. Los Núcleos Milenio son financiados por tres años con la posibilidad de renovar por la misma cantidad de tiempo y los Institutos Milenio reciben financiamiento por diez años, con una evaluación en la mitad de este periodo.

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